Năm 1748, Newton trở lại Anh Quốc trên Greyhound, một tàu buôn nô lệ hoạt động ở Đại Tây Dương; con tàu bị cuốn vào một cơn bão dữ và suýt bị nhấn chìm trong biển. Tỉnh giấc vào lúc nửa đêm, Newton bắt đầu cầu xin Chúa giải cứu khi nhận ra con tàu đang ngập nước. Newton xem đó là điểm khởi đầu cho trải nghiệm của ông đến với đức tin Cơ Đốc theo trào lưu Tin Lành[2]. Đang khi trên đường về nhà, Newton khởi sự đọc Kinh Thánh cùng các tác phẩm tôn giáo; và khi sắp đến nước Anh, Newton quyết định chấp nhận Cơ Đốc giáo. Ngày 10 tháng 3 năm 1748, Newton bắt đầu một cuộc đời mới với quyết tâm từ bỏ những thói xấu như cờ bạc, say sưa và báng bổ, nhưng lại tiếp tục công việc buôn bán nô lệ. Về sau Newton thú nhận rằng dù có một khởi đầu tốt trong trải nghiệm tâm linh, ông chưa thật sự sống và thực hành đức tin Cơ Đốc. "Lúc ấy khó có thể xem tôi là một tín hữu Cơ Đốc theo ý nghĩa chân chính của thuật từ này, chỉ mãi về sau tôi mới thật sự thay đổi"[3].

Do sự thuyết phục của John Mannestay, một người bạn của cha cậu, Newton nhận một vị trí trên Brownlow, một tàu buôn nô lệ trên lộ trình đến Tây Ấn qua bờ biển Guinea. Khi tàu đi ngang vùng biển Tây Phi (1748-49), Newton nhận ra sự bất xứng trong đời sống tâm linh của mình. Về sau Newton thuật lại rằng trải nghiệm này mới là sự qui đạo chân thật và là ngã rẽ quyết định trong đời sống tâm linh của ông, và đó là lần đầu tiên ông nhận biết sự phục hòa trọn vẹn với Thiên Chúa.

Nhưng mãi đến năm 1754, sau một cơn bạo bệnh, Newton mới hoàn toàn từ bỏ các chuyến hải hành và các hoạt động buôn bán nô lệ, bắt đầu viết một luận văn đả kích tệ nạn này trong nỗ lực hỗ trợ các hoạt động bãi nô của William Wilberforce.